ポケモン不思議のダンジョンでは490匹以上のポケモンが登場し、ダンジョンで倒したポケモンと友情が芽生えると仲間になってくれることがあるぞ。
ここまでのストーリーで仲間にすることができるポケモンの内、おすすめのポケモンをご紹介！！
リーシャン
仲間になるダンジョン：「湿った岩場」
おすすめのわざ：「なきごえ」
部屋中の敵のこうげきを下げることができるぞ！
カラナクシ
仲間になるダンジョン：「湿った岩場」
おすすめのわざ：「どろかけ」
ダメージを与えつつ、相手の命中率も下げられる！
ムックル
仲間になるダンジョン：「トゲトゲ山」
おすすめのわざ：「でんこうせっか」
２マス先の敵を攻撃できる！
スボミー
仲間になるダンジョン：「リンゴの森」
おすすめのわざ：「しびれごな」
相手をまひ状態にして、動きにくくすることができるぞ！
ミツハニー
仲間になるダンジョン：「リンゴの森」（時の探検隊のみ）
おすすめのわざ：「あまいかおり」
部屋中の敵の回避率を下げて、攻撃が当てやすくなる。
ミノムッチ
仲間になるダンジョン：「リンゴの森」（闇の探検隊のみ）
おすすめのわざ：「まもる」
相手のわざから身を守るぞ！
今後もストーリーを進めると、仲間にすることができるポケモンがどんどん増えていくぞ！
特定のポケモンをパワーアップさせることができ、グレッグルのトレード店でさらに強力なものにトレードできる専用どうぐには、特定のタイプのポケモンに対して効果を発揮するものも存在するぞ。
ギルドで依頼の掲示板を眺めていると、それまで見たことも聞いたこともないダンジョンへ一緒に探検に行こう、という内容の依頼を見つけることがあるぞ。
掲示板の依頼やおたずね者の情報は、ふしぎなメールを使うと友達のソフトにも全く同じものを分けてあげることができるぞ。つまり、自分が行けるようになった知られざるダンジョンへ、友達も行くことができるようにしてあげることができるのだ。
