存在結晶は人々の記憶や
想いが結晶化したもの
プロトレクサの守護者であるアマツメは、この存在結晶をエネルギーとしてプロトレクサの機能を使う。
存在結晶を集めることで、ヤマトガの復活を阻止するために力を使い果たしてしまったアマツメの力とプロトレクサの機能を取り戻すことができる。
記憶や想いの結晶である「存在結晶」を探す過程のなかで、生前の出来事や、遺された人々のことなど、キャラクターたちの背景が語られる。
アマツメに存在結晶を渡すことで、主人公たちのフィールド上でのアクションが強化されるなど、新たな力を手に入れることも。