その日、東京で、謎の爆発事故が起こった。
 
九条 遼（クジョウ カナタ）と婚約者の神河 蘭世（ミワカワ ランゼ）、その友人2人を含む12人がこの爆発により行方不明となる。
 
突然の爆発が引き起こした崩落により地上から地下鉄構内まで突き落とされた遼と蘭世。瀕死の重傷を負い、薄れゆく意識の中、良好な関係だと思っていた蘭世から思いがけない言葉が発せられる。
 
貴方と一緒に死ぬなんて・・・嫌。
 
次に目覚めたとき、遼は見知らぬ場所にいた。蘭世や友人達の姿はない。
 
天を衝く巨大な塔・・・　結晶化した樹木・・・
明らかに東京ではない―　いや、地球ですらなさそうな世界。
「俺・・・、死んだのか？」
疑問を胸に、あてもなく歩く遼。そこで、彼は一人の少女と出会う――