クリアしたことのあるダンジョンに、本編とはちょっと違ったルールで挑戦できるモード。※御神木では救助を求めることができません。
ノーマルアタック
操作キャラクターを変えて、本編と同様のルールで遊ぶことができる。
早指しアタック
決められた持ち時間（トータルカウント）でクリアを目指すモード。ターン毎に制限時間（ターンカウント）があり、制限時間を越えるとトータルカウントが減少。トータルカウントが0になると冒険失敗となる。
ターンアタック
できるだけ少ないターンでダンジョンクリアを目指すモード。
タイムアタック
できるだけ少ない時間でダンジョンクリアを目指すモード。
制限アタック
ルールを制限した状態でダンジョンクリアを目指すモード。なにを制限するかは「制限選択」コマンドで選択でき、複数の選択も可能。
もののけアタック
モンスターを操作してダンジョンに挑むモード。HPの自然回復なし。
特定のダンジョンでしか使用することができなかった「狐渇シレン」が、御神木モードを介して他のダンジョンでも使用可能に。
武器や盾を装備できない代わりに、独自の攻撃方法や特殊技を使うことができる。
出会ったことのあるモンスターの特性が学べる全51種のミニステージ。
ステージ条件達成でクリアとなり、クリアした道場のモンスターは御神木の「もののけアタック」で使用できるようになる。
ダンジョンから持ち帰った道具を預けることができる「あずかり屋」の容量を180個から960個に増加。
