プレイヤーが作成できるオリジナル兵団の本部で、
ミッションの受注、アイテム購入、団員の雇用などが行える。
マルチプレイ時のロビーの役割も兼ねる。

団員の雇用・役職任命

オリジナル兵団は、新たな団員を雇用して戦力を拡充することが可能。
団員の「個人戦力」を合計した「兵団戦力」が一定値に達するごとに兵団のレベルがアップし、拠点に配置できる建造物や雇用できる人数の上限が解放される。
ミッションに帯同させるなどして忠誠度が最大になった団員を役職に任命すると、兵団全体に影響を与えるボーナスを得ることができる。

原作の登場人物や、すれちがい通信で入手した他のプレイヤーの育てたキャラクターも、
兵団の一員として迎えることが可能。

壁外での活動拠点で、巨人の襲撃から司令部を防衛する「拠点ミッション」の舞台。
プレイヤーが自由に施設を設置して拠点をクラフトすることができる。

拠点クラフト

本作では拠点に施設を設置することで、自分だけの拠点を作りあげることができる。
拠点にさまざまな障害物を設置すれば、
「拠点ミッション」で巨人の進行を
阻むことが可能。

兵士宿舎（団員の雇用上限増加）や畑（食料入手量アップ）など、
兵団の運営を助ける効果を持つ施設も設置可能。