21世紀、人類は地球外へと進出を果たし、火星を植民惑星化することに成功した。 それから約半世紀を経た2125年、テラフォーミングにより大気を得た火星は、地球から派遣された EDF(Earth Defence Force=地球防衛軍)と官僚達によって統治されていた。 しかし、かつて火星を救うために迎えられたEDFの力は、今や生活全般におよび、抑圧者として住民を苦しめ、 抵抗が勃発すると徹底的な弾圧が繰り返された。圧政に耐えかねた人々は、 抵抗勢力“レッドファクション"を結成しゲリラ活動を開始する。 主人公のアレック・メイソンは、火星で生活する兄の誘いで、新しい仕事と生活を求め、鉱山技師として火星にわたる。 そんなある日、兄が目の前でEDFに殺害されてしまう。 実は兄のダンは“レッドファクション"の一員でEDFから指名手配されていたのだ。 その日を契機にアレックは、兄の仇を討つため、“レッドファクション"とともに戦うことを決意する。
